A mediados del siglo XVI en Hispanoamérica estaban los españoles firmemente establecidos en México y en Perú. En estas colonias había un porcentaje importante de cristianos. Surgieron entonces reclamos para nombrar un tribunal de la Inquisición.
El rey Felipe II por real cédula del 7 de febrero de 1569 creó los tribunales de la Inquisición en la ciudad de México y en Lima a través de tres tribunales: los de Lima y México fundados en 1569, y muy posteriormente el de Cartagena de Indias, fundado en 1610
La Inquisición fue una institución judicial creada por el pontificado en la edad media, con la misión de localizar, procesar y sentenciar a las personas culpables de herejía.